Методична робота Центру з закладами освіти області проводиться через:

- Інформаційно-методичну роботу – підготовка інформаційних листів, проектів наказів Департаменту освіти і науки.
- Аналітико-методичну роботу – аналіз участі представників закладів освіти у обласних та Всеукраїнських масових заходах.
- Координаційно-методичну роботу – обласні методичні наради.
- Навчально-методичну роботу – підготовка та проведення обласних семінарів, семінарів-тренінгів, тренінгів для різних категорій педагогів області, проведення обласних методичних нарад. За заявками відділів(управлінь) освіти та позашкільних навчальних закладів проводяться виїзні семінари, тренінги. Методична служба Центру бере участь у навчально-методичній роботі Одеського обласного інституту удосконалення вчителів.
- Науково-методичну роботу – створення нових навчальних програм (11 програм) та адаптація вже існуючих, їх апробація та представлення для роботи педагогам області.

Педагогічний  колектив  Центру  працює  над вирішенням  науково - методичної   теми: «Застосування компетентнісного підходу в роботі позашкільного навчального закладу».

Робота з педагогічними кадрами Центру проводиться через організацію  методичної роботи, педагогічної та методичної ради. Щорічно проводяться:
- 2 педагогічні ради,
- 3 засідання методичної ради;
- працюють методичні об’єднання керівників гуртків  підрозділів: еколого-натуралістичного та туристсько-краєзнавчого.
Педагоги беруть участь у теоретичних та практичних Всеукраїнських та обласних семінарах, фахових  виставках та конкурсах.

Об’єднує методичну роботу інформаційно-методичний відділ Центру.
Відділом проводиться та забезпечується інструктивно-методичний супровід щодо:
- проведення І етапу Всеукраїнського конкурсу рукописів навчальної літератури для позашкільних навчальних закладів області за дослідницько-експериментальним, художньо-естетичним, науково-технічним та еколого-натуралістичним напрямами позашкільної освіти;
- проведення обласного етапу Всеукраїнського конкурсу майстерності педагогічних працівників позашкільних навчальних закладів «Джерело творчості»;
- оцінювання методичних робіт педагогів області, які представляються на фахові конкурси еколого-натуралістичного напряму позашкільної освіти;
- вивчення передового перспективного досвіду організації роботи у позашкільних навчальних закладах області та його представлення для впровадження в роботу позашкільників на обласному та Всеукраїнському рівні;

- організації та проведення обласного семінару керівників (директорів) позашкільних закладів області;
- вивчення та створення банку даних про проведення обласних семінарів педагогів-позашкільників області;
- співпраці з Одеським обласним інститутом удосконалення вчителів по організації різних видів методичної роботи у позашкільних закладах області;
- організації та проведенні обласного збору лідерів учнівського самоврядування позашкільних навчальних закладів Одещини.
Відділ відповідає за проведення обласного етапу Всеукраїнського конкурсу майстерності педагогічних працівників позашкільних навчальних закладів «Джерело творчості».

Методисти інформаційно-методичного відділу Центру займаються інформаційно-методичним супроводом Конкурсу та проводять консультативну роботу з учасниками Конкурсу.

Відділ координує проведення обласних семінарів з педагогічними працівниками області за напрямами позашкільної освіти.